pyopenms
用于质谱数据分析的 OpenMS Python 接口。适用于 LC-MS/MS 蛋白质组学和代谢组学工作流，包括文件处理（mzML、mzXML、mzTab、FASTA、pepXML、protXML、mzIdentML）、信号处理、特征检测、肽段鉴定和定量分析。在处理质谱数据、分析蛋白质组学实验或处理代谢组学数据集时应用。
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Python interface to OpenMS for mass spectrometry data analysis. Use for LC-MS/MS proteomics and metabolomics workflows including file handling (mzML, mzXML, mzTab, FASTA, pepXML, protXML, mzIdentML), signal processing, feature detection, peptide identification, and quantitative analysis. Apply when working with mass spectrometry data, analyzing proteomics experiments, or processing metabolomics datasets.
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原文涵盖的主题
- PyOpenMS
- Overview
- Installation
- Core Capabilities
- 1. File I/O and Data Formats
- 2. Signal Processing
- 3. Feature Detection
- 4. Peptide and Protein Identification
PyOpenMS provides Python bindings to the OpenMS library for computational mass spectrometry, enabling analysis of proteomics and metabolomics data. Use for handling mass spectrometry file formats, processing spectral data, detecting features, identifying peptides/proteins, and performing quantitative analysis. Install using uv: Verify installation: PyOpenMS organizes functionality into these domains: Handle mass spectrometry file formats and convert between representations. Supported formats: mzML, mzXML, TraML, mzTab, FASTA, pepXML, protXML, mzIdentML, featureXML, consensusXML, idXML Basic file reading: For detailed file handling: See references/fileio.md Process raw spectral data with smoothing, filtering, centroiding, and normalization. Basic spectrum processing: For algorithm details: See references/signalprocessing.md Detect and link features across spectra and samples for quantitative analysis. For complete workflows: See references/featuredetection.md Integrate with search engines and process identification results. Supported engines: Comet, Mascot, MSGFPlus, XTandem, OMSSA, Myrimatch Basic identification workflow: For detailed workflows: See references/identification.md Per
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- davila7/claude-code-templates
- 源文件
- cli-tool/components/skills/scientific/pyopenms/SKILL.md
- 固定版本
- 21be197f100a12b8d0dd9a211cc244c8179f84d3
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